Столкнулся с таким на движке ShopCMS, но по-моему дело в хостинге, а не в движке. Хостинг — Active («Активные технологии»).
Симптомы следующие. После установки SSL-сертификата сайт нормально открывается и по http, и по https с ЧПУ. Но если ставишь принудительный редирект на https-версию (неважно какой именно, важно — работающий), то ЧПУ рушатся. Адреса ссылок показываются в ЧПУ-виде, но при переходе по ним открываются не-ЧПУ-адреса страниц.
Решение очень простое, как оказалось. В .htaccess сразу за RewriteEngine on нужно добавить две строки:
RewriteCond %{ENV:REDIRECT_STATUS} !^$
RewriteRule .* — [L]
Все, после этого ЧПУ нормально дружат с редиректом на https.