Для кода Гугл-Аналитики в настройках All in One SEO Pack есть специальное поле, куда достаточно просто вписать идентификатор.
А как быть с Яндекс.Метрикой?
Правильный ответ — да никак, в плагине не предусмотрено такой возможности.
Нужно либо вручную вставлять HTML-код в один из файлов шаблона темы оформления (помня при этом, что при обновлении темы код может слететь), либо создавать отдельный виджет с кодом счетчика Яндекс.Метрики, либо устанавливать отдельный плагин.